Il principio al quale si ispira questo acquario è quello di rappresentare e divulgare, attraverso l’allestimento delle vasche e dei pannelli esemplificativi annessi, il carattere di area di transizione delle zone lagunari, secondo la “Teoria del confinamento” e i più recenti contributi scientifici nel campo dell’ecologia lagunare.

L’acquario descrive le fasce ecologiche prodotte a partire dalla foce marina più attiva della Laguna di Orbetello, verso le aree più interne, includendo quelle aree sommerse continentali che, ricevendo apporti dolcificanti, tendono alla dissalazione, e quelle che, non ricevendo alcun apporto, sono soggette prevalentemente alla evaporazione, e perciò tendono alla iperalinità.

E' ben chiaro che tutto ciò si applica non solo alla Laguna di Orbetello, ma a tutti gli stagni costieri, di cui Burano è un altro esempio vicino, alle lagune vere e proprie, alle paludi relitti di antichi stagni costieri (quale la vicina Diaccia Botrona) e alle aree estuarine, di cui quella dell’Ombrone costituisce l’esempio vicino più importante.

In definitiva, il concetto cardine della teoria si applica a tutti gli ambienti di transizione, che, dal mare alla terraferma, costituiscono il "Dominio Paralico".

Nel percorso, il visitatore ha di fronte gli acquari, che rappresentano l’elemento di maggior interesse.

In particolare, gli acquari permettono di  percepire il mutamento ambientale procedendo da un canale marino verso le aree più estreme.

1. Ambiente di estuario - 2. Ambiente lagunare marino

3. Ambiente lagunare tipico - 4. Ambiente lagunare continentale

5. Ambiente lagunare estremo